Édouard-Charles Fabre naît à Montréal, le 28 février 1827, dans une famille bien connue de l’époque. Son père, Édouard-Raymond, est un libraire-éditeur prospère. Très patriote, il est un intime de Louis-Joseph Papineau. Il s’implique politiquement, participe à la Révolte de 1837-1838, est fait prisonnier puis est gracié en raison de la maladie de sa femme. Le calme revenu, il manifestera une grande générosité à l’égard des victimes du conflit, particulièrement envers les exilés en Australie. Dix ans après les Troubles, il sera maire de Montréal en 1849 - 1851. L’épidémie de choléra l’emportera en 1854, à l’âge de 55 ans.

La mère d’Édouard-Charles, Lucie Perrault, est une femme d’action, engagée dans les œuvres sociales, les institutions de charité, les visites des pauvres à domicile. Édouard-Charles est l’aîné d’une famille de six enfants. Une sœur, Hortense, épousera l’avocat et homme politique Georges-Étienne Cartier. Un frère, Hector, deviendra avocat, journaliste, sénateur, diplomate à Paris. Notons qu’Édouard-Charles, qui a dix ans en 1837, ne sera pas affecté par les événements de la Révolte. Il sera, par tempérament, homme conciliant, pacificateur.

Inscrit au Séminaire de Saint-Hyacinthe, Édouard-Charles Fabre y termine ses études classiques en 1843; il a seize ans. Il aspire à devenir prêtre. Son père s’oppose fermement à ce désir. Il envoie son fils à Paris passer un an chez sa tante Julie Fabre, pour qu’il connaisse le monde. Édouard-Charles parcourt Paris et ses environs, fréquente la bonne société, les théâtres, mais loin de s’atténuer, son projet se confirme. Son père finit par accepter ce choix et Édouard-Charles, avec l’autorisation paternelle, consacrera deux années à des études en philosophie et en théologie au Séminaire d’Issy-les-Moulineaux, dirigé par les Sulpiciens.

Le 25 juillet 1846, il revient à Montréal, dans sa famille. Le 15 septembre suivant, il s’établit à l’évêché et poursuit ses études théologiques sous la direction de Mgr Jean-Charles Prince, évêque coadjuteur.