Dès 1919, Mgr Bruchési avait ressenti les symptômes d’un mal étrange, caractérisé par un mélange de dépression physique et d’angoisse morale qui lui enlevait toute initiative et toute capacité de décision. On a observé que sa maladie coïncide avec la disparition d’un vicaire général qu’il aimait beaucoup, Mgr Émile Roy. Certains y voient les séquelles des fortes pressions auxquelles l’archevêque fut soumis durant la guerre et qui l’auraient prématurément usé.

Voilà donc que pendant dix-huit ans, Mgr Bruchési vivra à l’ombre de la croix, réalisant plus que jamais sa devise En Dieu je me confie. Le 18 octobre 1921, son auxiliaire depuis 1912, Mgr Georges Gauthier, est nommé administrateur apostolique et le 24 janvier 1923, coadjuteur avec droit de succession.

Suivront quinze années d’une sorte de réclusion dans les appartements de l’archevêché, puis trois dernières années qui lui permettront de sortir quelques fois pour rendre visite à des communautés religieuses. Compatissant, Mgr Gauthier l’entoure toujours d’une profonde vénération.

Le 20 septembre 1939, Mgr Paul Bruchési rendit son âme à Dieu. Il avait 84 ans. Ses funérailles furent célébrées à la Cathédrale devant une assistance considérable, réunissant une trentaine d’évêques, des centaines de prêtres, une foule de fidèles. Elles furent présidées par Mgr Georges Gauthier, qui conclut l’éloge funèbre de son prédécesseur par ces mots bien appropriés et touchants :

Vous êtes entré, nous en avons le ferme espoir, dans le rajeunissement définitif du Ciel. Vivez glorieusement dans le sein de Dieu. Nous vous y suivrons de notre filial et fidèle souvenir, faisant nôtre la parole de saint Paul : "Souvenez-vous de vos pasteurs qui vous ont prêché la parole de Dieu et, connaissant quelle a été la fin de leur vie, imitez leur foi ". (Hé 13, 7).